本发明公开了一种风电变流器并联系统的控制方法和控制装置，具体是通过采集并联模块的三相电流，得到相应的总电流值和电流差值；然后将总电流值作为总电流控制器的输入并根据该输入得到电机侧变流器给定电压，电流差值作为电流差值控制器的输入并根据该输入得到补偿电压初始值，补偿电压初始值经过限幅模块后得到电机侧变流器给定电压补偿值；最后得到相应的并联模块各自的电压给定值和PWM信号，从而通过控制并联模块A和并联模块B对应的功率开关实现并联模块间的均流。本发明可有效解决风电变流器电机侧变流器并联模块间不均流的问题，特别适用于风电变流器能量变换系统。