本发明涉及一种补脾益肠胃肠分溶型丸剂及其制备方法。该补脾益肠胃肠分溶型丸剂包括肠溶内丸、胃溶层、以及过渡层；其中，所述肠溶内丸由肠溶粉制成；所述肠溶粉由包括如下组分的原料制成：元胡、荔枝核、干姜、甘草、防风、木香、补骨脂和赤石脂；所述胃溶层由胃溶粉制成；所述胃溶粉由包括如下组分的原料制成：黄芪、党参、砂仁、白芍、当归、白术和肉桂；所述过渡层采用所述胃溶粉和粘合剂制备而成，所述粘合剂以重量百分比计，包括如下组分：羟丙甲基纤维素0.5～5％，水20～65％，乙醇30～75％。该补脾益肠胃肠分溶型丸剂的胃溶层与肠溶层结合紧密，包覆完全，且能够有效保证药物分别在胃和肠道中及时崩解释放。