本发明公开了一种新能源接入港口配电网运行方式的多层优化方法及系统，新能源接入港口配电网的架构为包含风电、光伏、电化学储能、电制氢储能以及氢燃料电池的含交直流混联的架构，该方法首先根据新能源接入港口配电网的倒送功率、弃风量及弃光量最小建立目标函数，求解所述目标函数得到最优运行方式；若母线分区平衡优化不能实现新能源消纳，则对所述目标函数增加母线I段和II段间交互功率的约束，重新求解得到最优运行方式；若母线系统平衡优化不能实现新能源消纳，则对所述目标函数增加配电网高压侧与中压侧间交互功率的约束，重新求解得到最优运行方式；本发明通过三级平衡体系减少了港口向大电网倒送电现象与港口内的弃风弃光的问题。