本发明公开了一种电力二次设备的自动测试系统及其测试方法，包括上位机、测试仪和待测设备，上位机包括交互显示屏，上位机内置测试软件，测试软件包括逻辑绘图模块、测试序列生成模块和测试序列执行模块，逻辑绘图模块用于辅助测试人员将研发设计图转换成保护测试逻辑图，测试序列生成模块用于根据保护测试逻辑图自动生成测试命令序列，测试序列执行模块的输出端与测试仪的信号输入端和待测设备的信号输入端分别相连接，测试命令序列生成后通过测试序列执行模块输入测试仪和待测设备；测试仪的测试端与待测设备相连接。本发明的目的是提供一种能够使用于多种保护逻辑、功能覆盖全、用例生成效率高的电力二次设备的测试系统及其测试方法。