本发明公开了一种含新能源场站的配电网拓扑结构优化方法及系统包括：根据配电网的典型拓扑结构，获取含新能源场站的配电网拓扑单元的有功平衡方程及拓扑约束；根据实际配电网结构和有功平衡方程及拓扑约束，获取拓扑单元组合的有功平衡方程；通过拓扑单元组合的有功平衡方程和配电网拓扑结构优化的成本，以优化转供总成本最小为目标建立配电网优化转供模型；采用改进型非劣排序遗传算法求解配电网优化转供模型，获取调整配电网运行方式的最优转供方案；本发明考虑了可再生能源发电对配电网拓扑结构优化转供的影响，在缓解过载问题的同时促进了新能源消纳，对于推动新能源在电网中的应用具有重要的实用价值。