本发明提供了一种连续流生产单细胞蛋白的方法，所述方法包括：（1）在主培养基存在下，将解脂耶氏酵母进行发酵培养；（2）发酵培养至菌体OD值为400~450，放料，放料结束后，向其中加入辅培养基，继续发酵培养；（3）重复步骤（2），将放料得到的物料进行离心，得到所述单细胞蛋白；所述主培养基的碳源包括乙酸盐和无水葡萄糖；所述主培养基中，乙酸盐的质量浓度为14~20g/L，无水葡萄糖的质量百分含量为3~5%；本发明中，所述方法能够连续生产单细胞蛋白，还能够提高单细胞蛋白的产量。