本发明公开了一种蓝萼香茶菜的指纹图谱及其建立方法和应用，该方法包括供试品的制备和高效液相色谱检测条件，其中高效液相色谱检测条件：色谱柱为C18色谱柱；流动相为甲醇‑0.1％磷酸水溶液，采用采用梯度洗脱方式：0min→30min→55min，甲醇20％→50％→100％；进样量为3～10μL；检测波长为232nm，流速为1.0mL/min，柱温为20℃～35℃。本发明建立的蓝萼香茶菜药材指纹图谱，确定了15个共有峰，通过其丰富的色谱峰信息以及共有峰相似度的评价，有利于对该药材质量的整体评价以及确保其内在质量的均一和稳定。可有效的监控蓝萼香茶菜药材的质量及鉴别其真伪。