本发明提供了一种应用文件的存储方法、装置及系统，涉及计算机技术领域，该方法包括：获取微服务应用依赖的目标文件；在将目标文件存储至预设的文件存储器的过程中，比对目标文件与已有文件中是否存在重复文件；其中，已有文件为文件存储器中集中存储的多个微服务应用依赖的不同文件；如果存在，通过执行重复文件删除操作确定对目标文件的存储。本发明能够有效减小产品包的体积。