本发明公开了一种学校用户体系认证方法及系统，方法包括：建立学校组织关系和教育软件授权秘钥信息；接收发送的教育软件授权秘钥，分配秘钥所具备的数据权限的教育软件授权码；接收教育软件的获取组织关系数据请求，根据请求携带的教育软件授权码返回相关组织关系的数据；如果该教育软件授权码具备修改组织关系的权限，可在组织关系发生变动后主动提交变更请求；接收用户登录教育软件的认证请求，根据请求携带的用户名、密码和教育软件授权码进行验证授权；记录用户登录教育软件的认证操作信息。应用本发明的系统教育软件提供厂商不再需要维护一套学校组织关系数据，仅需要获得教育软件授权码和用户授权码就可以为学校进行互联网+教育相关服务。