本发明公开了一种系统自动恢复方法，属于计算机软件技术领域。本方法包括：系统开机后，启动一智能引导模块，所述模块包括“正常启动”和“系统恢复”两个引导项；当所述引导项为“正常启动”时，正常启动系统，并在启动后检测到系统非正常运行时重启系统；当所述引导项为“系统恢复”时，将所述系统恢复为备份系统，其特征在于，正常启动系统时将引导项设置为“系统恢复”，启动后系统经检测正常运行时将引导项设置为“正常启动”，系统恢复后将引导项设置为“正常启动”。本发明方法可用于系统自动恢复，尤其是没有输入、输出设备(键盘、显示器等)的系统，比如存储端系统。