本发明介绍了一种无人潜航器导航定位系统的残余误差测试方法，其包括：采用无人潜航器水面往返直线航路设计，对比内置导航设备与外置无线授信设备记录测点信息，建立波束坐标系、载体坐标系与地理坐标系下速度、航向角度与坐标基准误差角度的关联解析式，细分测试出无人潜航器导航定位系统的初始定位误差、多普勒计程仪和惯性导航设备坐标基准误差，惯性导航设备漂移误差比率等量化值，解决了无人潜航器导航定位系统多种误差量化评估手段不足的工程难题，为进一步针对性改善无人潜航器导航定位性能提供了技术支撑。