本发明公开了一种乳低聚糖的制备方法及制备的乳低聚糖粉、食品，属于乳制品深加工领域，包括如下步骤：对乳清液进行至少三次超滤，将超滤透过液进行多次纳滤浓缩，将纳滤截留液进行层析色谱分离纯化，去除含乳糖的层析收集液，收集含唾液酸乳糖的层析收集液，脱盐，干燥获得低聚糖粉。本发明制备得到的乳低聚糖，及含有该乳低聚糖的食品，主要是牛乳低聚糖，色泽呈浅黄色或白色，风味较淡，颗粒均一，热稳定性好、具有可溶性。该乳低聚糖主要包括3'‑唾液酸乳糖、6'‑唾液酸乳糖。