本发明涉及一种调节肠道健康的发酵乳，所述发酵乳的原料包括部分脱脂的原料乳、以原料乳质量计4‑10％w/w的糖、以原料乳质量计0.06‑0.15％w/w的乳糖酶、以原料乳质量计0.03‑0.18％w/w的稳定剂以及每100kg原料乳添加20‑50dcu的发酵菌；所述发酵菌选自副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、乳双歧杆菌、嗜热链球菌中的一种或几种，优选为保藏编号为CGMCC No.19748的植物乳杆菌，保藏编号为CGMCC No.1084的嗜酸乳杆菌和嗜热链球菌中一种或几种。本发明还包括上述的发酵乳的制备方法。本发明提供的发酵乳及其制备方法，通过对发酵菌种的改进，并与生产工艺的改进相结合，在货架期内的状态更加稳定，发酵产生了C16:1n7等多种独特的对人体健康有益的物质，且可以有效的改善人体肠道内有益微生物种群的数量和状态。