本发明公开了一种豌豆蛋白数据特征提取方法，包括以下步骤：根据豌豆蛋白序列数据中每个元素的前后顺序以及不同氨基酸出现的频次，将数据编码成维数一致的频次分布矩阵；通过将豌豆蛋白三维模型映射到体素网格模型，实现基于三维立体结构的豌豆蛋白特征提取；将豌豆蛋白氨基酸频次矩阵与多层组合特征提取神经网络提取的特征组合在一起，通过融合特征提取神经网络对豌豆蛋白数据进行特征提取，经过蛋白序列数据的特征提取和编码方面的探讨，将维数不一致的序列数据编码成维数一致的向量，解决了不能直接把氨基酸序列数据输入机器学习算法中进行识别的问题，并且通过在特征提取中引入频次矩阵，增强特征提取的准确性和全面性。