本发明提供了一种富硒酵母发酵过程中硒源循环利用的方法及含硒废水的处理系统。该方法包括：S1，将富硒酵母发酵过程中产生的含硒废水进行分离和浓缩处理，得到含硒浓缩液；S2，将含硒浓缩液的硒含量调整至预定硒含量，得到含硒营养液；S3，将含硒营养液加入到富硒酵母发酵反应中，实现硒源的循环利用。上述方法在一批富硒酵母发酵后，将含硒废水中的硒源进行回收，同时在下批次富硒酵母发酵时再次利用，从而提高了硒源利用率，同时基本实现了硒废水零排放，可直接在工业化生产上进行应用。