本发明公开了一种从银杏叶提取物层析废液中制备高纯度莽草酸提取物的方法，具体步骤包括：将银杏叶提取物层析废液过滤除杂得预处理液；将预处理液浓缩至适量浓度，调节pH，过滤得到上柱液；上柱液经阳离子交换树脂层析柱、阴离子交换树脂层析柱、阳离子交换树脂层析柱连续纯化后，浓缩得浓缩液；将浓缩液析晶，得粗晶；将粗晶用乙醇加热溶解过滤除杂，浓缩，析晶，乙醇洗涤，减压干燥。本发明适合工业化生产、操作简便、可操作性强，且无污染，得到的产物品质好，纯度达99.6％以上。