本发明公开了一种银杏根皮中低酸高纯度萜内酯提取物的制备工艺，以银杏根皮为原料，经粉碎至粗粉，加高浓度的乙醇提取，浓缩，加水稀释，经聚酰胺吸附树脂吸附洗脱，洗脱液浓缩，乙醇重结晶，得到的粗结晶经高效液相色谱分离，制得萜内酯提取物，其总内酯含量≥95%，总银杏酸含量≤1ppm。本发明方法克服了现有生产技术缺陷，具有生产工艺稳定可控、操作简便、产品质量高且稳定、成品得率高、生产成本较低等特点，且能将银杏根皮变废为宝，充分发挥其经济价值。