本发明提供了一种调节宿主肠道微生物平衡的制剂，包括益生元和益生菌，所述益生元为平均聚合度为7～10的果聚糖，且果聚糖中聚合度为5～8的短链果聚糖的比例为60～80％，聚合度为16～19的长链果聚糖的比例为15～25％。本发明的制剂在益生元含量低时依然能够高效促进益生菌增殖，改善便秘。由于该制剂在低含量益生元时就可以发挥作用，因此可以避免部分人群因过多服用益生元而引起的腹胀、腹泻症状，同时也可以降低制剂的生产成本。