本发明涉及一种变性淀粉的制备方法及应用，属于天然高分子材料的修饰改性技术领域。公开了一种利用磁场强化淀粉复合变性的连续化制备工艺及其应用。该方法是将天然淀粉通过磁场作用进行磁性固定化酶酶解、醚化和交联反应，再经脱水，洗涤及干燥后制得。该制备工艺可使淀粉酶循环利用，降低能源消耗，提高生产效率。所获得的变性淀粉具有糊化温度和峰值粘度低、成膜性好、凝胶速度快，冻融稳定性好的特点，可作为胶囊囊材应用于食品、药品和膳食保健品领域。