本发明涉及一种利用蘑菇下脚料制备天然麦角硫因的方法，以蘑菇下脚料为原料，粉碎，待投料；将蘑菇下脚料均匀分散，加入蘑菇下脚料(湿重)5～20倍的水，经加热回流提取或超声辅助提取后，冷却静置，离心分离，取得上清液即为麦角硫因粗提液；对于多次提取的，合并浸提后的麦角硫因粗提液；将提取液浓缩至原来体积的1/6～1/10，静置，取上清液进一步纯化；采用柱层析法对步骤获得的上清液进行纯化，以非极性大孔吸附树脂为填料，上柱，先用纯水洗脱至中性，再用氨水洗脱，收集洗脱液；浓缩，干燥，即得麦角硫因提取物。本发明原料来源广，成本低廉，同时能够缓解蘑菇种植及加工过程中产生大量废弃物污染环境等问题；适合工业化生产。