本发明属于海洋生物制品领域，尤其涉及一种具有抗肿瘤功效的高纯度鲨鱼硫酸软骨素的制备工艺，包括以下主要步骤：1）鲨鱼软骨粉碎；2）降温及碱提；3）温和酶解及灭活；4）树脂吸附；5）超滤；6）料液洗涤；7）真空薄膜蒸发；8）超高温灭菌；9）雾化干燥。使用本方法所制得的鲨鱼硫酸软骨素的CPC法含量高，砷含量低，纯度超出USP标准品的含量，同时在本发明制备过程的弱碱和低温的条件下，对硫酸软骨素中存在的糖苷键也不会产生明显的切割作用，从而能够使硫酸软骨素保持完整的分子结构，从而使产品收率得到有效提高，同时经过以上的温和条件操作能够保持产品更好的生物活性和颜色。