本发明涉及生物技术领域，具体是一种低盐酪蛋白磷酸肽的制备方法。本发明采用氢氧化钾溶液调节酶解前料液的pH，达到碱性酶最初需要的酶解条件，酶解反应开始后，随着肽键的打开会导致水解液pH值下降，恰好有利于中性蛋白酶反应，加入中性蛋白酶进行二次酶解，随着pH进一步降低，加入酸性蛋白酶，酶解适当时间后，升温灭酶，通过超滤、浓缩、喷雾干燥得到粉状的酪蛋白磷酸肽。本发明制备的酪蛋白磷酸肽工艺，在传统的制备工艺的基础上，免除了脱盐工序，简单可行，成本较低，所得成品为纯白色粉末，无苦味，符合GB 31617‑2014食品营养强化剂酪蛋白磷酸肽对灰分的要求。