本发明公开了一种新型提取工艺，特别涉及一种猪、牛鼻骨生产软骨素联产高品质Ⅱ型胶原蛋白的清洁化提取工艺。包括软骨素生产工艺路线和高品质Ⅱ型胶原蛋白肽生产工艺路线；所述软骨素提取时是通过长时间、室温条件、弱碱性条件进行提取，软骨素纯度非常高，过程中不需要使用双氧水进行氧化脱色，非软骨素类杂质极少，非特异性二糖含量≤4％，软骨素的收得率达到30‑35％，满足工业大生产的需要；所述Ⅱ型胶原蛋白粉蛋白含量≥90％，灰分≤0.5％，钠残留≤100mg/kg，羟脯氨酸≥9％，卫生指标合格，产品颜色亮白，无异味，符合食品应用标准，最大程度实现了产品的价值。