本发明涉及生化制药领域，具体涉及一种硫酸软骨素的新型提取工艺。该方法包括以下步骤：软骨→粉碎→浸提→酶解→过滤→膜分离→超高温灭菌→喷雾干燥→过磁→过筛→内包→外包。本发明具有以下优点：1）使用喷雾干燥技术进行软骨素的精制生产，不使用乙醇，所以杜绝了乙醇带来的安全问题；2）由于喷雾干燥塔将软骨素直接由液体转变为粉末，节约了大量的生产时间、人员和能源，同时由于料液经过超高温灭菌，而且物料始终处于封闭环境下进行生产，使微生物指标得到有效保证；3）使最终成品的含量达到93％以上，蛋白含量小于4％，其他指标均符合USP标准；4）使用该工艺生产的硫酸软骨素乙醇残留为0ppm，彻底杜绝了乙醇残留带来的安全和质量隐患。