本实用新型提供了一种辅食营养包投料输送自动隔离装置，包括水平式隧道杀菌机，所述水平式隧道杀菌机内设有输送物料的输送皮带，所述水平式隧道杀菌机的一端设有隔断，所述输送皮带穿过所述隔断，所述输送皮带上靠近所述隔断的一端设有红外线光电开关，所述隔断上设有自动隔离门，所述红外线光电开关通过电磁阀和气缸控制所述自动隔离门开合，当物料输送时，自动隔离门将洁净区与非洁净区隔离，可以有效防止洁净区遭到污染。