本发明公开了一种亚铁复合凝胶微球的制备方法，属于保健品和药物制剂领域，该方法首先采用内源乳化法制备海藻酸钠‑铁凝胶，然后再用酪蛋白酸钠对凝胶微球进行二次包埋。本发明制备的亚铁复合凝胶微球粒径均匀，分散性好，不易发生团聚粘连，平均粒径小于100μm，在酸碱条件下性质稳定，不易被氧化生成三价铁，添加到豆浆等食品中具有良好的外观和口感，而且感官特性更加稳定，本发明还能降低豆浆等食品在储存期内的酸价和过氧化值，防止产品酸败变质。