本实用新型公开了一种菌落计数器，包括台体、计数池、标记笔、计数控制显示器、触控屏和控制组件；触控屏包括贴合在一起的液晶玻璃层和电容触控开关层；控制组件包括，液晶驱动装置，用于驱动液晶玻璃层使光线透过液晶玻璃层；电容检测装置，用于检测电容触控开关层是否有人碰触，并输出触碰信号；控制装置，与液晶驱动装置控制连接且与电容检测装置信号连接，接收并响应于触碰信号并输出一控关信号控制液晶玻璃层透光；在此过计数程中，对一个区域进行计数时将其他区域遮挡住，减少视线内的菌落数，避免过多菌落数分散检察人员得注意力，提高计数的可靠性、准确性；同时在完成一个区域的计数后可以中断、休息或处理其他突然事情。