本发明公开了基于FPGA的无线自组网时间同步方法、系统及介质，涉及无线通信技术领域，其技术方案要点是：主站节点发送包含当前时间t0的syn时间帧；当从站节点接收到syn时间帧后，从syn时间帧中提取当前时间t0对从站节点的时间进行更新；从站节点发送包含当前时间t2的req时间帧；主站节点收到req时间帧后记录本节点的当前时间t3；主站节点发送包含当前时间t4和t3的ack时间帧；当从站节点收到ack时间帧后记录本节点当前时间t5，依据当前时间t2、t3、t4和t5计算得到传输时延，并进行时间补偿。本发明通过设计时间帧协议，节点之间的时间同步只需交互各自的时间信息，以减少时间同步的网络开销。