本发明涉及一种基于Iodelay固件的AD采样自校准系统和方法，属于数字信号处理技术领域。该系统包括差分转单端模块、时钟复位信号产生模块、Iodelay固件模块、延时参数自校准模块及Inserdes模块；同时公开了与此系统属于同一技术构思的方法。本发明解决了现有技术对数据和时钟的相位进行调整通过手动的方法来设置Iodelay的延时参数，需要不断的尝试才能找到最佳延时值，带有一定的盲目性导致耗时耗力且效果不好的问题。