本发明公开了一种多元多域一体化目标识别方法及系统，包括：目标识别系统采集原始目标信息；所述目标识别系统基于所述原始目标信息对目标的敌我属性进行判定；所述目标识别系统对所述原始目标信息进行时敏性判定；所述目标识别系统对目标进行跟踪并对跟踪难度进行判定；所述目标识别系统根据所述原始目标信息的时敏性对所述原始目标信息进行多层级目标识别融合处理，并将处理结果发送给信息交互装置；所述信息交互装置将判定结果和/或处理结果进行转发。本发明有效的解决了识别体系不完备、水下识别手段缺失以及海上目标识别信息资源汇聚难的问题，具有较好的军事价值、经济价值和社会价值。