本发明公开了一种PTP时钟同步系统，所述系统包括：主时钟板和从时钟板，接收主时钟板输出的主时钟信号和从时钟板输出的从时钟信号的若干个业务单板，以及设置用于在主时钟板、从时钟板和各业务单板之间形成信号连接引线的背板，所述业务单板包括：第一时钟选择单元，用于根据所述主时钟状态信号和从时钟状态信号的当前状态确定其中一个时钟信号为工作时钟信号；以及数字锁相环，用于对接收到的工作时钟信号进行相位锁定后，生成物理PHY芯片的时间戳计数器的有效时钟信号。本发明还公开了一种PTP时钟同步方法。本发明所提出的系统和方法可以保证时钟板倒换过程中，向各业务单板PHY芯片的时间戳计数器提供稳定的有效时钟信号。