本发明提供一种数据交叉的处理系统及其方法，其中处理系统包括：转换模块，第一STM‑N数据进行格式转换，以得到第二STM‑N数据；交叉表配置模块，设置对应于每个STM‑N通道的两张时隙交叉表，并在每张时隙交叉表中的第一存储单元用于存储第二STM‑N数据在STM‑N通道中的每个时隙的时隙信息；存储模块中的每个第二存储单元对应一个STM‑N通道，第二存储单元用于存储第二STM‑N数据在STM‑N通道中的通道数据，通道数据包括在两张时隙交叉表中的所有时隙的时隙数据；查表模块，根据发送的时隙交叉表内容查询到对应的时隙信息，并于存储模块中查找与时隙信息对应的通道数据。本发明的有益效果：有效减少数据交叉处理过程中的存储空间，降低工作时钟频率，降低对FPGA的资源和性能的要求。