本发明公开一种基于GPON、EPON的可编程逻辑器件加载FLASH的硬件电路与方法，其硬件电路包括PC通过USB BLASTER线缆通过JTAG接口和FPGA/CPLD连接，在对被加载的FLASH芯片进行在线升级时，开关电路保证可编程逻辑器件正常工作，被加载的FLASH芯片片选信号处于手动选中状态，CPU小系统电源处于手动断电不工作状态，待该在线升级完成后，该片选信号解除手动一直选中状态，被加载的FLASH芯片片选信号交由CPU小系统自身控制，CPU小系统电源解除手动断电，CPU小系统电源处于工作状态，系统正常工作，本发明通过可编程逻辑器件加载FLASH，不需要手动取下FLASH重新烧录启动文件和重新焊接，提高效率，通过配套的开关电路和JTAG接口加载FLASH文件，不需要配套PCI接口的JTAG测试卡，能正常使用，占用资源少。