本发明公开了一种在线更新FPGA配置芯片的方法及系统，属于计算机应用技术领域。本发明的在线更新FPGA配置芯片的方法，利用FPGA和CPLD的可编程性，将FPGA配置为Slave SelectMap模式，将FPGA和CPLD相连，CPLD外挂FPGA配置芯片的Flash，FPGA与PC机相连，通过PC机上的Logic Programmer工具进行FPGA配置芯片内容更新，其中PC机上设置有PCIE槽。该发明的在线更新FPGA配置芯片的方法不需要专门的下载工具，即能够实现快速的更新FPGA配置芯片，提高更新效率，简化操作过程，具有很好的推广应用价值。