本发明公开一种适用于电动车的指纹锁系统及其使用方法，涉及锁具应用技术领域。指纹锁系统结构包括：部署于电动车车把区域的指纹识别模块，部署于电动车动力车轮侧部的车辐条检测模块，部署于电动车动力车轮车叉区域的智能锁模块。使用时，指纹识别模块进行指纹识别，车辐条检测模块在通过指纹识别后检测智能锁模块的锁舌弹出区域是否有辐条遮挡，随后将检测信号发送至电动车的动力系统或者智能锁模块；智能锁模块根据车辐条检测模块的检测信号对电动车的动力车轮进行自动上锁，或者，用于在指纹识别模块成功识别指纹时对电动车的动力车轮进行自动开锁，整个过程不用弯腰即可实现自动上锁和开锁。