本发明实施例提供了应用运行方法、装置、设备及存储介质，方法包括：在待运行应用在宿主机的第一家目录挂载到在容器内的第二家目录的情况下，将所述容器内的应用依赖相关的目录所在的目录变更为所述第一家目录下的指定子目录，其中，所述第一家目录和第二家目录为所述待运行应用的应用依赖相关的目录所在的默认目录，以容器的方式运行所述待运行应用，以使待运行应用根据所述指定子目录定位应用依赖相关的目录，使得在保证容器内的应用可以访问宿主机的第一家目录，实现容器和宿主机共享目录的同时，容器内的应用依赖相关的目录与宿主机的应用依赖相关的目录可以相互隔离互不影响，避免了用户使用时的困扰和应用运行时可能出现错误的问题。