一种显微扫描装置包含一光源、一第一镜头组、一第二镜头组、一反射元件、一光路切换元件、一第三镜头组、一感光元件以及一驱动单元，其中光路切换元件选择性接收并输出多个影像光其中之一。亦即，显微扫描装置是利用一光路切换元件，切换来自不同的物镜的待扫描物影像，以取得不同放大倍率的显微扫描影像，因此，无须变动多个物镜的位置。