本公开涉及三维扫描系统、扫描数据处理方法、装置及存储介质。该系统包括：三维扫描设备和辅助件；辅助件用于安装在口腔内牙弓的种植体上，三维扫描设备用于对口腔进行扫描，得到口腔的多帧局部三维数据，并根据口腔的多帧局部三维数据和辅助件的标准三维数据，最终优化确定口腔内牙齿和牙龈的整体三维数据。可以达到降低优化成本，提升全牙弓精度的目的，满足多缺失位或无牙颌种植体桥精度要求，有利于推广应用。