本发明公开了一种防护舱管理系统，包括服务器以及与之建立通信连接的防护舱终端；该服务器包括：处理模块、通信模块、监测模块、显示模块、输入模块和存储模块，防护舱终端包括：通讯模块、ARM处理器、数据存储芯片和实时时钟芯片；防护舱管理系统的操作方法包括：配置信息的烧录，目标防护舱与服务器建立连接，服务器识别目标防护舱并向目标发出指令同时实时对目标防护舱进行在线检测；服务器判断目标防护舱状态，在线继续发送指令，离线状态则停止发送指令，这种防护舱管理系统可以在实现对防护舱多方面的操作管理并远程配置防护舱信息。