本发明提供了一种自动套盒机构，衔接上层输送线体与下层输送线体，自上至下依次包括逐个落料机构、套盒机构与盒底定位机构；所述逐个落料机构以竖向贯通的套筒内腔作为酒盒的落料通道，层输送线体末端的酒盒能够落入所述落料通道内，所述套筒前侧壁外设有摆臂机构，可形成对落料通道内竖向叠放的两个酒盒的锁定与解锁；所述套盒机构将经套筒落出的酒盒套装于正下方下层输送线体上的盒底上；所述盒底定位机构安装在下层输送线体两侧支架上，用于对盒底定位。本发明应用于多层输送系统中，有助于提高套盒效率。