本发明涉及一种发酵果蔬曲奇的生产方法，包括以下步骤：将葡萄、蓝莓和蔓越莓中的至少一种、白糖、新鲜酵母、乳酸菌、水放入发酵罐中进行发酵，获得发酵后的果蔬液和发酵后的固体果蔬粒；将所述发酵后的固体果蔬粒放入烘箱中烘烤，获得发酵烘干后的果蔬粒；将起酥油、白糖、黄油、食用盐、蛋清、泡打粉混合在一起充分打发，然后再加入由面粉、低筋粉、燕麦粉、泡打粉组成的混合粉、所述发酵烘干后的果蔬粒和所述发酵后的果蔬液，进行混均，醒发，成型；将所述成型后的曲奇放在烤箱中烘烤，即得。本发明制成的发酵型果蔬曲奇不但营养丰富，而且经发酵的果蔬曲奇改善了口感和酥脆度，美味可口。