一种花皮辣椒精深加工的方法，属于天然产物分离纯化技术领域。其先将花皮辣椒颗粒用6#溶剂油提取，提取液浓缩至溶剂含量10～30%；加入碱性醇溶液搅拌混合后，液液分离，得到的6#溶剂油层及碱性醇溶液层分别浓缩，浓缩物用丙酮除杂，得到的滤液浓缩后得到辣椒红和辣椒油树脂；丙酮除杂得到的滤渣干燥后得到脂肪酸盐。本发明可以同时得到精制后的辣椒红和辣椒油树脂，辣椒红为两种不同色调规格的产品，其色价符合国家标准要求，总色价得率≥95%；辣椒油树脂溶解性及流动性好；副产品脂肪酸盐可以销售。该工艺简单，辣椒红产品得率高，生产成本低，适合于工业化生产。