本发明公开了一种小分子鱼皮胶原蛋白肽的提取制备方法，工艺步骤包括以淡水鱼的鱼皮为原料，除去非胶原蛋白，经过脱脂、脱腥、磨碎等步骤，在酸性条件下对胶原蛋白加热水解处理，然后采用酶解法控制胶原蛋白的降解程度，采用膜分离法获得目标小分子胶原蛋白肽并对蛋白酶回收再利用，接着通过纳滤脱盐，活性炭结合树脂脱色脱腥后，利用喷雾干燥获得无色无味的小分子鱼皮胶原蛋白肽粉。本发明工艺简单，而且通过膜分离对蛋白酶进行回收再利用，可以节约成本；制备的小分子胶原蛋白肽为无色无味，可广泛应用于保健食品、生物医药、化妆品等与人体健康相关的行业。