本发明公开了一种藻胆蛋白多肽粉的制备方法，其包括以下步骤：（1）将海藻干燥和粉碎，加入冷水和石英砂，在研磨得到海藻浆液；（2）将步骤1得到的海藻浆液离心并且分离收集上清；（3）向收集的上清液中加入硫酸铵粉末，将上清液避光沉淀，离心，得到蛋白沉淀；（4）将步骤3得到的蛋白沉淀溶于磷酸缓冲液中，加入弹性蛋白酶和胰蛋白酶酶解，并且使用透析方法来进行脱盐；（5）将步骤4得到的酶解和脱盐后的蛋白肽溶液冷冻干燥，得到藻胆蛋白多肽粉。本发明的方法能够有效从海藻中提取出藻胆蛋白，并且将其进行水解处理，得到质量优越的多肽粉。