本发明公开了一种从鱼骨中提取硫酸软骨素的方法，其经过以下步骤：（1）选取新鲜海洋鱼骨为原料，蒸煮，并且使用高压空气进行分离，得到鱼肉蛋白和鱼骨；（2）将步骤1得到的鱼骨进行清洗、粉碎，得到鱼骨粉末；（3）将步骤2得到的鱼骨粉末加入到酶解液中，加热，过滤得到清液；（4）将步骤3得到的清液中加入乙醇，收集沉淀物；（5）将步骤4中得到的沉淀物使用洗涤剂进行淋洗洗涤；（6）将步骤5中得到的沉淀物中加入水直到溶解，并且加入乙醇，收集沉淀物并且烘干。本发明采用酶解与洗涤法相结合得到的硫酸软骨素具有过敏性较低等优良特性。本发明的方法步骤合理、技术先进、操作可行，可适用于硫酸软骨素的提取中。