本发明属于贝类养殖技术领域，尤其涉及一种贝苗海上底播系统及其作业方法。贝苗海上底播系统，包括半潜式贝苗底播平台和贝苗底播载运装置两部分。贝苗海上底播系统的作业方法，采用贝苗底播载运装置收集贝苗，然后将贝苗底播载运装置运输至半潜式贝苗底播平台，通过链传动方式将贝苗底播载运装置排列装入半潜式贝苗底播平台，装满后，船只拖动半潜式贝苗底播平台至底播海区进行底播作业。本发明在结构和材质以及作业方式等方面突破了传统的底播概念，实现贝苗海上转运至底播过程中零干露、零踩踏、零供水与供氧，大幅提高贝苗成活率的同时，大幅降低了耗能和用工数量，且操作简单、成本低廉，工人劳动强度低，对贝类产业升级具有重要意义。