本发明涉及水产养殖技术领域，具体涉及一种捕捞鲜活贝类的海上转运系统及方法。捕捞鲜活贝类的海上转运系统，包括装贝笼箱和电动起重吊笼装置。采用捕捞鲜活贝类的海上转运系统转运方法，装贝笼箱结构轻巧，容量大、强度高、大通孔、耐腐蚀，可侧开门，可折叠，其高强度刚性结构及可调夹层特性，使活品贝的密度均匀，无挤压，减低了活品贝的破损率；捕捞的鲜活贝类筛拣后直接装入位于捕捞船活水舱内的装贝笼箱，活贝不干露，然后直接调入运输船活水舱，减少从塑料箱倒入网包，再从网包倒入塑料箱，以及在运输船舱内堆叠码垛工序环节，大幅减少用工数量，缓解劳动力短缺的行业问题，同时大大降低了工人的劳动强度，提高了转运效率和活贝的成活率。