本实用新型公开了一种用于菌种的搅匀装置，属于食用菌技术领域，包括箱体，箱体的内部设置有长轴，长轴中部设置有主搅拌机构，主搅拌机构上设置有与主搅拌机构相配合的辅助搅拌机构；主搅拌机构包括固定设置在长轴上的内搅拌盘，内搅拌盘的外侧设置有外搅拌盘，内搅拌盘的外侧面和外搅拌盘的内侧面上设置有第一螺纹；本实用新型通过主搅拌机构和辅助搅拌机构相互配合，可以将菌种进行均匀搅拌，提高搅拌后菌种的质量。