本发明公开了一种枸杞复合酵素及其制备方法，制备方法包括：分别称取苹果、葡萄、枸杞及沙棘汁，首先将苹果及葡萄分别用清水清洗干净，放入0.2％的亚硫酸溶液中浸泡30min～60min，分别打浆制备成苹果浆及葡萄浆；然后将枸杞用开水冲淋，加入到50℃～60℃的水中，复水30min～60min，打浆制备成枸杞浆；最后将苹果浆、葡萄浆、枸杞浆及沙棘汁加入到发酵罐中，搅拌至混合均匀制备成原料液；向原料液中加入益生菌，40℃～45℃环境下恒温发酵，得到发酵液；向发酵液中加入水苏糖，得到枸杞复合酵素，复合酵素在保留枸杞、沙棘、苹果、葡萄已有营养物质的基础上，通过微生物发酵，促进营养物质更易被人体吸收，同时，枸杞复合酵素兼具润肠通便、改善胃肠道菌系的作用。