本发明公开了一种超低金属含量的高纯石英砂制备方法，主要包括选料、第一次煅烧、水淬、粉碎、磁选、电选、第二次煅烧、水淬、酸洗、浮选、清洗等工艺，其中第一次煅烧后采用氢氧化钠溶液进行水淬，第二次煅烧过程中混入氢氧化钠固体，酸洗选用含有2,2’‑联吡啶的甲酸溶液作为酸洗液，并且对浮选工艺在捕收剂等方面进行了有意义的改进；采用本发明所述的石英砂提纯工艺，可以SiO2含量≤98％的普通石英砂为原料得到SiO2含量≥99.97％、杂质金属总量≤30ppm的超低金属含量的高纯石英砂，而且节约了成本、工艺更加环保。